Лучше не "ставить из пакета". Это лишает смысла проверку целостности пакета по контрольным суммам, усложняет установку обновлений. Поэтому правильнее иметь некую "эталонную" базу, которую копировать в целевое размещение. Как вариант, в пакете держать .sql (.sql.gz) для инициализации базы. Саму инициализацию делать скриптом (как initdb в postgres) или описать в инструкции что куда скопировать/выполнить. К слову, для процесса обновления тоже может потребоваться механизм, так как структура данных может меняться в новых версиях. Процесс первичной инициализации и последующего обновления можно сделать частью post-install скрипта пакета.
Базу следует класть не в /usr (в классической теории UNIX-систем /usr может вообще монтироваться в read-only, например, по nfs), а в /var, лучше /var/lib/имя_программы. Сделать специальную системную группу без пользователей вполне нормально, так делают. В инструкции следует описать, что пользователей надо в неё добавлять. Соответственно, на файл права 660, на каталог 770.
Если пользователи будут работать с этой базой параллельно-одновременно, а не строго по очереди, то потребуется ещё механизм блокировок. В этом случае лучше рассмотреть полноценную СУБД или хотя бы вынести работу с базой в отдельный сервис, с которым программа будет взаимодействовать.
