У меня была такая же проблема.
Установил плагин из репозитория, node.js уже был установлен, но комбинация клавиш не работала.
С помощью плагина FindKeyConflicts проверил, что конфликтов горячих клавиш нет.
Проблема оказалась в том, что я с помощью ctrl+n создал новый файл, но НЕ СОХРАНЯЛ его и пытался в нем использовать csscomb. Видимо, пока не сохранишь файл, работать не будет