У меня получилось выполнить следующим образом.
Я не клонировал certbot из git. А установил его:
apt install certbot
Скрипту от webnames нужна утилита curl. Установил её:
apt install curl
Получил сертификат с помощью следующей команды:
certbot certonly --manual-public-ip-logging-ok --agree-tos --email <мой_емейл> \
--renew-by-default -d <site.com> -d <*.site.com> --manual --manual-auth-hook \
../certbot-dns-webnames/authenticator.sh --manual-cleanup-hook ../certbot-dns-webnames/cleanup.sh \
--preferred-challenges dns-01 --server https://acme-v02.api.letsencrypt.org/directory