Не совсем понятен вопрос. Необходимо, чтобы при вводе в терминал app запускался файл по пути /home/user/app? Если да, то достаточно в файл /home/user/.bashrc добавить следующее:
alias app='/home/user/app'
Скорее всего понадобится перезапуск терминала.

Также есть альтернативное решение. Если в домашних каталог планируется кидать много приложух, а не только одну, то в тот же .bashrc стоит добавить следующее:
export PATH=$PATH:/home/user
После этого все программы из домашнего каталога можно будет запускать по названию. Также скорее всего потребуется перезапуск терминала.

Зависит от задачи. Если простой графический интерфейс, то вполне хватит QT. Если нужна высокая производительность, то можно взять упомянутый SDL2.

Иначе говоря, нужно записать строчки, встречающиеся в обоих файлах, в другой файл? Если да, то вот:

#include <iostream>
#include <fstream>
#include <vector>


int main() {
    std::string path_first;
    std::string path_second;
    std::string path_result;

    std::cout << "Введите путь к первому файлу: ";
    std::getline(std::cin, path_first);

    std::cout << "Введите путь ко второму файлу: ";
    std::getline(std::cin, path_second);

    std::cout << "Введите путь к файлу, где следует разместить результат: ";
    std::getline(std::cin, path_result);


    std::ifstream file_first(path_first);
    std::ifstream file_second(path_second);
    std::ofstream file_result(path_result);

    if (!file_first.is_open() or !file_second.is_open() or !file_result.is_open()) {
        std::cout << "Не удалось открыть файл." << std::endl;
    }
    else {
        std::vector<std::string> lines_first;
        std::vector<std::string> lines_second;

        std::string buff;

        while (std::getline(file_first, buff)) lines_first.push_back(buff);
        while (std::getline(file_second, buff)) lines_second.push_back(buff);

        for (auto line_first : lines_first) {
            for (auto line_second : lines_second) {
                if (line_first == line_second) file_result << line_first << "\n";
            }
        }
    }

    file_first.close();
    file_second.close();
    file_result.close();

    return 0;
}

Требует загрузки обоих файлов в память и работает относительно медленно, но что-то мне подсказывает, что этого хватит.

Допустим, надо обновить систему. С судо это

sudo apt update
sudo apt upgrade

Без судо:

su
apt update
apt upgrade
exit

Видно, что пользоваться можно и так и так, но с судо, по мне, удобнее.