Не знаю чем именно компилировали в .exe
Скорее всего pyinstaller'ом поэтому вот
Тык
В принципе авто-обновление не сложно и написать самому, запишите где ни будь в программе или вынесете в файл версию и при запуске программы сравнивайте ее с той которая на сервере, если версии не совпадают докачиваете файлы с того же сервера.