Да, на одной из виртуалок, но вам надо бы определиться, от чего вы защищаете системы (ВМ): от потери дисковой подсистемы сервером или от падения СХД. Если у вас СХД не подключена непосредственно к серверу, то вы можете расшарить LUN для ВМ с вимом по iSCSI (один из вариантов - детали мне сейчас ни к чему, главное сам доступ ПО до носителя вовне сервера) и его в Veeam обозначить как хранилище резервных копий. Если подключена и VHDx машин находятся на ней - нужен отдельный носитель для хранения резервных копий.