Вообще все источники утверждают, что ntfs должен быть быстрее, чем fat32
Я рекомендую воспользоваться другим бенчмарком, например ATTO. И на бОльшем объеме, чем 1 гб, который тупо закешироваться может.
Во-вторых следует указывать версию OS, потому что CrystalMark юзает виндовый дискспид, и вообще CrystalMark 6 и CrystalMark 8 сами друг другу противоречат, поэтому я бы не стал ориентироваться чисто на них.
Тестировать скорость storage сегодня - весьма непросто. Эти кеши в ОС, кеши в контроллере, интерфейсы и поддержка разных фич типа очередей...