В самом тривиальном случае достаточно
find /somedir -type f | xargs md5sum > checksums.md5
для создания списка контрольных сумм и
md5sum -c checksums.md5
для его проверки. Вместо md5sum можно использовать любой другой *sum.
Из более цивилизованного есть
Tripwire.