Из того что я нашёл:
1. git submodule (но будут проблемы с синхронизацией, тк автоматически они не обновляются)
2. Какие-то скрипты поверх git submodule, которые будут решать их проблемы. (в комментах дали ссылку на такую штуку:
https://github.com/protop-io/protop, но я бы не стал её использовать)
3. Какие-то сторонние решения (
https://buf.build/). Можно загуглить как-нибудь типа "protobuf package manager"
4. монорепозиторий (monorepo), чтобы избавиться от сабмодулей на корню.