Начнем с того, что задача решаема, но постановка странная. Ввод на основании - это стандартный механизм платформы, который можно вызвать или с формы документа, или с формы списка документов, или вообще программно из кода. И каждый раз используется один и тот же обработчик модуля объекта - ОбработкаЗаполнения. Только во втором и третьем случае не будет выделенных строк.
Почему появилась такая странная задача? Почему пользователь хочет переносить в новый документ случайные строки и не фиксировать в системе этот факт? Может ли быть, что из 10 строк пользователь выделял 7, но на одной строке ошибся и кликнул дважды, в результате чего в работу ушли всего 6 строк, а он и не заметил пока не стало слишком поздно..?
1) Грамотным решением было бы в документе при его записи в табличной части сразу сохранять отметки выбранных строк, а потом при вводе на основании уже работаем с этими отметками.
2) Если есть сценарий, что с документом работает некий начальник, который создает задания по частям для своих подчиненных, то использование стандартного ввода на основании не является корректным - нужно просто создать команду на форме, которая будет использовать выделенные строки и при создании нового документа может даже использовать его программное заполнение из стандартного ввода на основании.
3) Если я чего-то не понимаю и нужно делать именно так как написано, а так же есть храбрость ломать БСП, то тоже все очень просто. В модуле ПодключаемыйКомандыКлиент в процедуре ПродолжитьВыполнениеКоманды в параметре Контекст есть открытая форма, в которой у элемента формы доступно выделение строк. Тут нужно вставить свой код, что если попался нужный тип документа и передана форма объекта с выделенными строками, то формируем структуру, куда передаем ссылку на документ и массив номеров строк. Далее в обработчике ОбработкаЗаполнения заполняемого документа проверяем тип входящего параметра основания и если там наша структура, то далее заполняем стандартно по ссылке из реквизита структуры, а в табличную часть переносим только указанные в массиве строки.