Вопрос дурацкий, и тот кто его придумал - не самый умный человек.
Вопрос следует конкретизировать, потому что либо речь идет о выдуманном мире и выдуманной физике от человека-эзотерика, либо сформулирован так, что требует дополнения.
У компьютера есть архитектура в основном в архитектуре взаимодействия устройств при помощи шины.
Есть архитектура процессора, которая подразумевает логику на уровне транзисторов и соответственно логику работы инструкций на физическом уровне.
Ниже уже не архитектура, а набор отдельных элементов - транзисторы, и то, из чего они созданы - молекулы и так далее.
На молекулярном уровне люди пока не научились делать сложную архитектуру, следовательно придумать как можно было бы этим управлять, не имея даже готовой теории? Ну вот мы можем удержать электроны и нейтроны при помощи магнитного поля, когда мы удерживаем плазму. Но делать какую-то логику на уровне атомов мы не можем.
Для 2-3 нанометровых процессов уже практически приблизились поштучно к молекулам, но делается это хитрыми способами. Транзистор из парочки молекул вряд ли будет стабилен, поэтому остановятся на десятках, а дальше изыскивать принципиально другие варианты.