Это указывается в настройках веб-сервера. Например, если используется веб-сервер Apache2 под операционной системой Debian или Ubuntu, логи по умолчанию хранятся в /var/log/apache2. Если phpmyadmin запущен на хостинге, то хостер обычно сохраняет логи в каталог logs внутри домашнего каталога.