При синхронизации контрагентов возникает данная ошибка. Контрагент после этого становится пустым. А при повторной загрузки создаётся новый.
Как решить данную проблему? С чем она связана?
Не уверен, что эта ошибка связана именно с КД, похоже что у вас проблемы с целостностью базы. Я бы сделал ТИИ (естественно с предварительным бекапом базы и очисткой кеша).
P.S. Очистка кеша здесь скорее всего не поможет, но по традиции не помешает.