Смотря какой счётчик...
Если для посетителя в отдельности, можно реализовать через куки. Если для себя на сервере, тогда лучше отправку $_POST запросов.
Многое зависит и от того что именно нужно сделать. Каждые 3-5 секунд отправлять на сервер запрос не лучшая идея.