core.preloadIndex:
Включить предварительную загрузку параллельного индекса для таких операций, как git diff
Это может ускорить такие операции, как git diff и git status, особенно в файловых системах, таких как NFS, которые имеют слабую семантику кэширования и, следовательно, относительно высокие задержки ввода-вывода. Если этот параметр включен, Git будет выполнять сравнение индексов с данными файловой системы параллельно, что позволяет перекрывать операции ввода-вывода. По умолчанию true.
В общем отключил эту функцию (git config core.preloadIndex false) и все заработало. git status не тормозит, git pull тоже без тормозов отработал. git diff я не пользуюсь.
Артем, дело не в самом индексе, а в многопоточной (параллельной) загрузке его, чтобы ускорить работу. Твой хостинг блокирует запуск сразу многих процессов, поэтому вылезает ошибка. Эта опция немного замедляет работу, так как данные теперь читаются последовательно и только по запросу.