MySQL имеет собственный встроенный планировщик (
MySQL 8.0 Reference Manual / Stored Objects / ...), который может делать практически что угодно. Создаёшь Event Procedure, задаёшь периодичность выполнения - остальное сервер сделает сам. Вообще без помощи/управления со стороны.
Народ обычно любит предлагать внешние планировщики (как правило CRON) - настоятельно не рекомендую, если требующий выполнения код есть чистый SQL. Другое дело когда надо выполнять скрипты на иных языках или внешние приложения - тут да, без крона скорее всего не обойтись. Хотя и тут есть способ - подключить внешний модуль с требуемым функционалом.
Есть папка, которая хранит в себе sql файлы для создания бд, таблиц в этой бд, импорт данных в эти таблицы.
Как автоматизировать запуск этих sql скриптов?
Создание БД, таблица, начальное наполнение - это как бы одноразовое действие. Нафига их шедулить?