Не совсем прям про бекап, но. Вкусил прелести systemd-homed, оказался очень удобным в плане того что весь хомяк живет в файле(можно и директорией, а можно и с шифрованием) и хранит не только файлы но и самого пользователя с группами и правами для него. Просто копирую на внешний диск файл и все. В случае восстановления просто ставишь систему и подкидываешь файл хомяка, не надо никаких телодвижений совершать с созданием пользователя и прочим.
Аналогично стараюсь в первую очередь, если возможно, править конфиги софта\демонов в хомяке, опять же ради переносимости.
В целом для бэкапов и последующего восстановления\отката сильно упрощает задачу.
