Дописывать в файл, можно просто указав значение "a" в методах работы с файлом.
Или вы собрались ПЕРЕЗАПИСЫВАТЬ остаток файла после некоторой строки?
Ну, если длинна записываемых строк известна, то можно сместиться на нужное количество байт (метод seek) и писать, начиная с этого места, перетирвая все, что там было записано ранее.