Для отключенного объекта просто перестаюь выполняться все Update и FixedUpdate и
еще пачка служебных методов. Рендер - это по факту тоже часть апдейта.
Сам объект при этом жив-здоров, к нему можно обратиться, вызвать методы и прочее. Даже подвигать по сцене можно - никаких проблем.
Так что с т.з. памяти разница максимальная - уничтоженый занимает 0 памяти, выключеный - всю что ему нужна и может только чуть чуть меньше не выключенного.
Конечно все чуть чуть может быть сложнее - типа там еще корутины, обновления иерархии (особенно для UI), исключение из графа физики и прочее - но суть та же.