Вы можете отправить только один reply_markup с одним сообщением. Можно приветственным сообщением создать ReplyKeyboardMarkup, а далее добавить InlineKeyboardMarkup к тому сообщению, где такая клавиатура должна быть. ReplyKeyboardMarkup при этом не пропадет, пока вы не отправите ReplyKeyboardRemove.