А разве задачей обычного щреддера является "удаление" стекла, рамок от картин, флэшек и жестких дисков? Нет, его задачей является "удаление" бумажных документов (и у некоторых моделей - DVD), но так, чтобы нельзя было прочитать - буквально в конфетти размером 1х1 мм.
Так и в задачу программы-шреддера входит удаление файла таким образом, чтобы его нельзя было восстановить большинством бытовых способов (гарантированную невозможность восстановления можно обеспечить только размагнитив винт в микроволновке или физически уничтожив - в труху - ssd или флэшку).
Программа-щреддер выполняет многократную перезапись места, которое занимал файл, мусорными шаблонами - нулями, единицами, "шахматами" (0x5555 или 0xAAAA)