Во-первых уточните пожалуйста, каким методом вы определяете скорость загрузки страниц? Если стандартными счетчиками на подобии,
echo round(memory_get_usage()/1024/1024, 2) . 'MB '; ?> <?php echo get_num_queries(); ?> queries in <?php timer_stop(1); ?> seconds.
то результат по любому останется прежним, так как Hyper Cache кеширует полностью всю страничку, создавая статичный html файл который в последствии и отдается пользователю (в том числе и цифры с замером скорости загрузки страницы).
Во-вторых вы попросту могли забыть включить кеширование страниц в самом движке wordpress забыв добавить строку "define('WP_CACHE', true);" в файле wp-config.php (не знаю, может в последних версиях этого плагина исправили этот косяк, но все же проверьте).
В третьих я бы посоветовал вам воспользоваться w3totalcache, подключив в нем object cache, browser cahe, db cache(по желанию) и доколе угодно статическое кеширование страницы (хотя использование такого типа кеша может привести к некорректному отображению "динамических" объектов на странице, типа голосования, комментариев, оформления заказов и прочее).
P.s по умолчанию плагин HyperCache не кеширует странички для зарегистрированных пользователей. И кстати, проверить кеширует плагин или нет, вы можете посмотрев исходный код страницы, если внизу что то вроде (hyper cache: 1b7e9b9b714b0b83a6f28ad4f7541abf 10-01-23 06:09:45), то плагин работает и в следующий раз страница откроется из кеша.
Простой