Зависит от сложности GUI. Если простой интерфейс, для которого достаточно штатных едитов, лейблов, кнопок, комобоксов и т.д., то стоит выбрать тот, что ближе к языку, который вы лучше знаете. Если это питон (и вам не нужна особо производительность), то лучшим выбором будет Tkinter. Если JS - React Native.
Если интерфейс более сложный, то стоит задуматься на тему серьезных в этом плане языков. C++, Delphi, C#, Java. С ними и производительность будет лучше и инструментов разработки больше (GUI).
Субъективно, я могу подробнее рассказать о написании на Delphi, где в линукс разработке есть и плюсы и минусы. Из крупных минусов - не все дистрибутивы поддерживаются. А именно некоторые AstroLinux и ElementatyOS не поддерживаются из-за проблем с используемыми там версиями GTK+.
Также, к минусам можно отнести то, что среда разработки может быть установлена только под Windows.
Далее только плюсы: быстрая разработка, отсутствие зависимостей, мощнейший дизайнер (из существующих), нативный код и т.д. Ссылка на фреймворк-платформу (
https://www.fmxlinux.com/)
И, не смотря на бытующее мнение, язык и среда разработки развиваются и используются. Последняя версия среды (и непосредственно языка) вышла во второй половине этого года. Имеется Community версия для бесплатного использования
https://www.embarcadero.com/ru/products/delphi/starter 
Простой
