немножко поправляя
Wataru, это можно сделать не только имея сервис.
либо действительно делать сервис (описание пакетного файла):
ярлык запуска пакетного сценария в папке автозапуска, то есть в "%AppData%\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\Startup", который настроен на свёрнутое окно и который вызывает скрытие окна, допустим, посредством PowerShell:
%WinDir%\System32\WindowsPowerShell\v1.0\PowerShell.exe -windowstyle hidden
а затем делает свои дела в цикле (tasklist | find /i "...")
либо сделать это в стиле разработчиков ПО, допустим, на примерах ConEmu, Clink или AkelPad - создать в реестре запись о "переадресации" исполняемого файла для указанного исполняемого файла. (можно сделать запуск пакетного сценария для запуска программ, а он будет запускаться таким методом)
первый метод требует активный процесс, но, скорее всего, сработает (так как люди иногда ограничивают доступ к reg.exe и regedit.exe), а второй метод не требует активный процесс (разовый, по случаю), но может потребовать продуманного кода. собственно, для запуска более одной программы методом редактирования реестра требуется сценарий, а потому, полагаю,
без сценариев никак.
кстати, если на то пошло, то можно заняться извращениями в стиле копирования cmd.exe в, к примеру, папку %Temp% изменив и использования её вместо cmd.exe (можно даже получать PID родительского cmd.exe и завершать процесс cmd.exe из дочернего процесса с другим именем исполняемого файла). также можно на python используя subprocess или os запускать процессы, а через pyinstaller сделать исполняемый (.exe) файл. правда, такая программа будет медленной, но она будет иметь в TaskMgr, к примеру, свою (кастомную) иконку и название исполняемого файла.