Сталкивался с аналогичной проблемой, только в рамках компонента. Попробовал следующие методы:
- Проверить в файле dbconn.php на наличие параметра set_time_limit
- Проверить php.ini на наличие аналогичной установки - max_execution_time (помните, то, что указано в dbconn.php имеет приоритет перед тем, что написано в php.ini
- Значение memory_limit также может влиять на это дело.
Но это лишь попытка найти обход проблемы. Попробуйте настроить профилирование, и посмотреть, в чем же все таки может быть проблема. У меня, например, была очень назойливая проблема, когда на многосайтовом режиме зависал комплексный компонент "catalog", и это происходило по неизвестным (до сих пор) для меня причинам, как бы это странно не звучало.