WebAssembly в первую очередь будет затрагивать лишь клиентскую чать. Но позже хотят сделать VM для работы и на сервер-сайде. Если нода станет подмножеством этой новой VM, то всё будет хорошо для её будущего, но если сделают несовместимый с нодой АПИ, то нода конечна отомрет.
Скорее всего будет как сейчас с JVM, когда на одной VM хостятся множество ЯП со своими SDK, т.е. будет там и нодовское АПИ, будет там и .NET, будет там и JDK и т.д.
Сейчас на это не стоит заморачиваться, года через 3 будет видно.
