Во-первых, искать главный интерфейс - это как искать самый главный листик у лиственного дерева.
Во-вторых, указание DNS-сервера(ов), которому будут отправляться все DNS-запросы этого хоста, не зависит от интерфейса(ов). Главное - что бы проходил трафик до выбранного DNS-сервера, и он отвечал на запросы. То есть есть у хоста сеть, интерфейсы, доступы, или их нет, или они меняются каждые 5 минут - не играет роли, DNS прописан, и если возможно - будет использоваться.
В-третьих, настройка DNS на Unix-like делается через файл /etc/resolv.conf. Но если в системе установлен какой-нибудь сетевой менеджер типа NetworkManager, то настройка DNS определяется уже конкретно им.
