Если модуль локальный, и
обновление через маркет не подходит, то как вариант - написать функцию что заберет и перекинет файлы куда надо и просто вызвать её из php-консоли, через агента или еще как-то в зависимости от сложности обновления.
Также никто не запрещает вызвать класс инсталлятора модуля и руками заново запустить функцию установки не удаляя его.