У вас 2 варианта:
1. Подключать альтернативный контроллер футера на страницу.
Для этого в контроллере нужной вам страницы нужно найти строки:
$data['footer'] = $this->load->controller('common/footer');
И заменить 'common/footer', на 'common/footer_alternate'
2. Заменить шаблон для вывода в контроллере футера
Для этого в контроллере футера нужно найти
return $this->load->view('common/footer', $data);
И прописать при каких условиях должен показываться альтернативный футер
$this->load->view('common/footer_alternate', $data);