1) Да, можно прописать переменную пути в config.core.php, но проще при переносе накатывать обновление.
2)
https://zooks.ru/web/979
4) Есть специальный плагин для поиска медленных запросов.
5) Да, именно так. В сети была информация как это исправить.
Вообще рекомендую не влезать в MODX и тем более не начинать на нем новых проектов. Только если нет другого выбора.