Сервис вообще для этой задачи надо использовать не так. Надо регистрировать BroadcastReceiver(лучше Wakeful) на аларм и бут_комплит, запускать сервис на время одной операции и завершать его, не забывая отпустить wakelock. Иначе он будет в активном ожидании, это очень плохо. Он будет не давать засыпать девайсу и высаживать батарею.