Нафига писать столько простыней, если человеку необходимо просто написать список?
Читай Котерова 7 (или доку), потом Зандстру, потом статью о MVC на хабре и проект по тому же мануалу, придет понимание MVC. Все.
Дальше выбираешь фреймворк yii2/symfony/laravel и изучаешь его по документации.
Очевидно же что устанавливает значение null для $this->persistent->parameters.
А вообще, откройте документацию, в ней будет указано.
Если правильно понял, то смотрите документацию phalcon по контроллерам.