Как раз таки всё понятно. Он лежит в папке 03. Положите в папки выше уровнем по 1 файлу и будет вам древовидная структура. ЕМНИП VSCode так всегда и отображал.
Например, если пишу расширение для проекта, а проект на определенном фреймворке
На чём написан проект абсолютно не влияет на то, что будет использоваться в расширении. Я, например, Vue использую в Toster Extension, на странице настроек. Просто мне так привычнее и быстрее было сделать. Ограничений никаких вроде и нет.