Почему может возникать нагрузка
Сайт посещаемый и это честная нагрузка. Такова реальность.
В коде сайта ошибка. Например, если в php открыть файл или сокет, не проверить факт удачного открытия, и начать читать/писать в этот файл/сокет, то обработка этих ошибок будет очень сильно грузить процессор.
Боты сканируют сайт. Решение - искать их по access_log и блокировать через файл .htaccess
:)