Tomcat используется в качестве самостоятельного веб-сервера, в качестве сервера контента в сочетании с веб-сервером Apache HTTP Server, а также в качестве контейнера сервлетов в серверах приложений JBoss и GlassFish.Вы же говорите: о контент-сервере (которым, кстати и является тот же nginx).
Или это и так подразумевается в контексте с сервером веб приложений ?Именно.
Просто по их названию (name)?Именно. Язык программирования - никак не зависит от протокола передачи и наоборот.
Не нашел минусов в плане нехватки функционала или каких-либо трудностей в их реализации (плагинов много и легко можно свои писать).