xmoonlight

SEO-аналитика наймите и все.

div, z-index, html5-history

По-скольку, речь здесь про доделки/хотелки - этот ответ касается только их:
1. Стоимость часа работ оговаривается заранее. Если не указали ранее (если уж забыли, но лучше никогда этого не допускать) - можете посчитать: стоимость всех сделанных работ (на которые договаривались заранее) поделите на уже потраченное время и озвучьте эту сумму Заказчику.
2. Порядок такой: Хотелка => определение трудозатрат (время*сложность*рейт) => выполнение => демонстрация через TeamViewer => получение денег => перенос сделанного на хостинг/сервер Заказчика.

Drag-n-Drop попробуйте. (из окна браузера в папку)

Поиск делается с помощью уникальных частей (искривление прямой с углом: 15-165 градусов внутри одной такой части, не нашли - расширяем радиус, нашли - отрезаем эту зону из дальнейшего поиска) на общем изображении и их расположении относительно друг друга.
Все контурные кусочки поворачиваются по одному алгоритму: например, максимальное кол-во точек по линии-радиусу (от центра до края) - всегда вниз. Если они повторяются - максимальный угол между такими повторами - всегда слева.
Каждый такой кусок - это отдельный хэш. Связка таких кусков - "дерево" хешей.
При поиске - сравниваем хэши искомого и куска из базы с другим через расстояние Хэмминга и ищем зависимости по дереву наиболее совпавшей их последовательности.

CComment

PhoneGap + node.js

GhostCrypt
Описание на русском и ссылочки внизу статьи: здесь
FYI: https://habrahabr.ru/post/254777/

Как больше этого не допустить?

Читайте здесь.
Также, пользуйтесь исключительно SSH+SFTP и не храните какие-либо пароли на хост-площадке.

Данные передаются пакетами, а протокол - порядок полей в каждом таком пакете.
Аналог: перевозка груза железнодорожными составами с определённым порядком и назначением вагонов в них. (это и есть соглашения)
Остальное - в википедии.

На PHP для работы с изображениями есть встроенная графическая библиотека GD2.
С помощью неё можно определить границы изображения и далее - вырезать как необходимо.

Однозначного ответа здесь нет.
Многое зависит от того, кто будет поддерживать будущую инфраструктуру и на чем это веб-приложение разрабатывалось изначально (т.к. бывает много зависимых правил в .htaccess, которые переписывать в nginx - нерентабельно).
Если продукт разрабатывается и тестируется в первую очередь под Apache (и, возможно, еще с какими-то модулями апача): однозначно Apache. Иначе - нужно думать в зависимости от схемы расширяемости, в обеспечении поддержки решения и т.д.

Да, был опыт: после добавления https://startssl.com/ (Free) позиция поисковой выдачи значительно выросла в Гугл, в Яндекс, Bing и Yahoo.
Могу сказать, что SSL - сейчас действительно нужен.

Стоит ли добиваться A+

Однозначно - ДА, т.к. поисковые роботы тоже тестируют безопасность (заметил по логам).

SVG + CSS3: clip-path

1. Про концепцию: всегда должна быть единая концепция: удобство использования на всех устройствах или UI/UX-first.
2. Про дизайнеров: они должны предоставлять макеты всех основных сеток и под разное разрешение дисплея устройства.
3. На основе всех макетов дизайнеров, верстается единый адаптивный шаблон и вопрос закрыт.

Веб-сервер: обычно Apache на любом хостинге.
На PHP - пишутся скрипты.
Берите любую CMS с функцией интернет-магазина и разворачивайте. (например, Joomla!+Joomshopping)
PS: Вообще, непонятно: почему Вы (человек далёкий от этого) занимаетесь этой задачей?

Этапы проектирования сайта

Это плохая практика.
Вместо этого делайте так:
1. При сохранении - контейнер изображения (картинку) именуете с помощью base64-строки или порядкового шестнадцатиричного символьного представления (ID-HEX as String).
2. Реальное имя - пишите в базу вместе с полным путём к контейнеру.