1. Nginx никогда не умел, не умеет и не будет уметь работать с файлами .htaccess
2. httpd stop не факт что остановит ваш апач.
3. суть вопроса вообще не понятна. попробуйте задать его еще раз.

Нужно сесть и заняться профилированием.
Сама по себе смена хостинга вряд-ли поможет.
Без понимания где bottleneck - это все бессмысленные телодвижения

Для этого в паппете есть окружения.

Создаете новое окружение с нужными вам настройками, загоняете одну - две - несколько нод в это окружение, проверяете. Потом переносите изменения в продакшн окружение, возвращаете ноды обратно в прод.

При использовании r10k - это очень удобно делать прямо ветками в гите - создаете новую ветку, деплоите ее как отдельный environment, потом мерж.

Поставьте постфикс в режиме "интернет сайт".
И шлите почту через локалхост без пароля.