Олег Клещук

У вас похоже два инстанса апача (или кто-то еще) борятся за обладание 80-м портом.

1. Nginx никогда не умел, не умеет и не будет уметь работать с файлами .htaccess
2. httpd stop не факт что остановит ваш апач.
3. суть вопроса вообще не понятна. попробуйте задать его еще раз.

Если проблема с conntrack - есть два решения.
1. Определиться - нужен ли вообще коннтрак на сервере? Там стейтфул фаервол? Может переписать на стейтлесс? И выгрузить сам модуль.
2. Если нужен - увеличить размер таблицы net.nf_conntrack_max