Парни из WooThemes действительно огонь, но делают они не так ровно по другой причине. Они Производят и плагин и тему, соответственно зачем им включать плагин в тему, если там их и так все устраивает?

Ежели вы хотите менять по всякому, то путь именно такой копируете папку templates, и меняете всякое в ней, но и всю папку копировать не надо, а ровно те шаблоны, которые вы меняете, зачем нагружать тему лишними файлами,

у меня это устроено так

настройки выношу в отдельный файл.

По поводу остального, WooCommerce тем и крут, что его можно крутить как хочется, и именно для этого там во всю и используются фильтры и экшены.

Да и вообще использование данных возможностей, есть хороший тон при разработке к примеру, я разрабатываю всякое на собственном фреймвоке, все акшены вынесены у меня в отдельный файл, что позволяет без каких либо лишних телодвижений гнуть проект в любую сторону.

$thumb_ID = get_woocommerce_term_meta( $cat->term_id, 'thumbnail_id', true );

Пример вывода
wp-panda.com/woocommerce_posts/woocommerce-display...
Под свою задачу слегка модифицируйте

на экшен фильтр повесить нельзя, экшен это событие, фильтры нужны для модификации параметров принимаемых или возвращаемых функцией. Для применения фильтра мрдифицируемое должно иметь apply_filters( 'filter_name' , $array, бла бла бла всякое другое )

do_action( 'woocommerce_before_main_content' ); - это событие на которое повешены функции, сверху вежливо написано, какие функции на него повешены. В данном случае это хлебные крошки с приоритетом 20

Для посмотреть на woocommerce_breadcrumb, идем на гитхаб woocommerce и в нем ищем function woocommerce_breadcrumb, находим ее в файле https://github.com/woocommerce/woocommerce/blob/75... и из ее кода видим, что,
1. filter / woocommerce_breadcrumb_defaults - можем поменять разметку
2. filter / woocommerce_breadcrumb_home_url - можем поменять адрес главной
3. action / woocommerce_breadcrumb - повешен метод который генерирует микроразмеку, можем его отключить, подключить свой, обработать данные дополнительно
4. wc_get_template( 'global/breadcrumb.php - можем переопределить шаблон вывода полностью

так wp-panda.com/woocommerce_posts/woocommerce-shortco...

цикл сильно прощще

<ul class="products">
	<?php
                $product_ids_on_sale = wc_get_product_ids_on_sale();

		$args = array(
			'post_type' => 'product',
                        'post__in' => array_merge( array( 0 ), $product_ids_on_sale )
			);
		$loop = new WP_Query( $args );
		if ( $loop->have_posts() ) {
			while ( $loop->have_posts() ) : $loop->the_post();
				wc_get_template_part( 'content', 'product' );
			endwhile;
		} else {
			echo __( 'Продуктов не найдено' );
		}
		wp_reset_postdata();
	?>
</ul><!--/.products-->

hookr.io/plugins/woocommerce/#index=t&search=wooco...
https://github.com/woocommerce/woocommerce/search?...
https://docs.woocommerce.com/wc-apidocs/source-fun...
на выбор