Я в свое время (год назад) искал решение и не нашел, скорее всего ничего не изменилось. Единственное, можно добавить коммент:
.thumbnail
.thumbnail-inner
// Ссылка 1
a(href="#")
img(src="img-1.jpg")
span.overlay
// Ссылка 2
a(href="#")
img(src="img-1.jpg")
span.overlay
<div class="thumbnail">
<div class="thumbnail-inner">
<!-- Ссылка 1 --><a href="#"><img src="img-1.jpg"><span class="overlay"></span></a>
<!-- Ссылка 2 --><a href="#"><img src="img-1.jpg"><span class="overlay"></span></a>
</div>
</div>
UPD 29.07.16
1. С помощью
этого плагина можно более гибко контролировать код на выходе и отключить pretty от jade.
2. Еще можно открыть исходники Jade, там есть массив с инлайн тегами (jade/lib/inline-tags.js), можно нужные теги удалить из списка и они будут рендерится как блочные.