Просто нужно не лениться разносить вовремя всё из папки загрузки по конечным папкам, а лишнее/не нужное удалять сразу. А сама структура каталогов довольна проста, папка под игры, папка под музыку, папка под фильмы, документы, под дистрибутивы софта. Вовремя разносите по ним всё из папки закачек и хлама не будет.