В целом такой подход ок? или верстку делить на чанки и них собирать шаблон?. Судя по вашему полному комментарию не ок) Почитайте урок: Создание файловых шаблонов pdoTools (если на Fenom делаете). А вообще как вам сказали выше можно сделать отдельный шаблон, ну либо воспользоваться модификаторами)
[[MinifyX?
&minifyCss=`1`
®isterCss=`default`
&cssSources=`assets/css/style.css`
]]