{extends 'new.tpl.msEmail'}, если вы его не создавали? Тогда нужно ссылаться на оригинал {extends 'tpl.msEmail'}. А вообще оригиналы править - это такое себе, вся затрется после обновлений.
В целом такой подход ок? или верстку делить на чанки и них собирать шаблон?. Судя по вашему полному комментарию не ок) Почитайте урок: Создание файловых шаблонов pdoTools (если на Fenom делаете). А вообще как вам сказали выше можно сделать отдельный шаблон, ну либо воспользоваться модификаторами)