Очень очень не понятно что Вам надо. Видимо некоторые манипуляции с DOM, но тогда вопрос, почему на php? И даже если так, то хотя бы пример кода.
Если вопрос, как вывести некоторые данные из отправленной формы, то так: echo $_POST['someMyData'];
и вставить в "определенное место"
Верстайте дивами, используйте bootatrsp сетку для простого построения мобильной версии. Для таблиц адаптивность делается с помощью горизонтального скрола, в том же boostrap есть классы для этого.
Ошибка в том что в модальное окно вложено модальное окно. Зачем такой ад?
Плюс думаю у Вас у модалок id одинаковый, в любом случае решать Вашу проблему можно только видя код. Без кода - все это догадки. А кофейная гуща уже заканчивается.
array_column - это функция php www.php.net/array-column
Но она введена только в версии 5.5, видимо у Вас древняя версия php, надо сменить, обратитесь к хостеру, советую использовать 5.6
Не встречал такие плагины, думаю надо писать самому js + canvas
Можете попробовать что-то выжать что-то из этих плагинов: https://habrahabr.ru/post/246907/
Но ul и li тут точно не при чем. Скорее всего надо будет передавать структуру в виде json массива, зачем тут список?
Вот еще пример семейного дерева, который поможет понять как это делается: jsfiddle.net/cyril123/0vbtvoon/22
Верстайте не строками, а колонками, родителю колонки при hover задавайте border-color
Если у Вас сверстано по другому - дайте код. Потому что по картинке сложно понять Ваш html, а описание и того сложнее.