Стоит ли тратить время на изучение того же yii или можно все писать просто на php?
Стоит 100%, к тому же если Вы знаете хорошо php уйдет на это минимум времени. Думаю, что изучение yii2 и написание на нем Вашего не сложного проекта в сумме займет меньше времени, чем написание на голом php. Я конечно не беру во внимание случай если Вы решили забить на безопасность и планируете написать 4 php файла, которые пишут в базу все подряд, не используют кеш и т.д.
В чем преимущества сайта на обычном php без использования фреймворков?
Единственное преимущество - теоретически меньшая ресурсоемкость. Теоретически, потому что все зависит от кривости рук программиста и его желании делать хорошо и правильно.
В чем недостатки сайта на обычном php без использования фреймворков?
можно долго перечислять, но основное скорость разработки. Зачем писать то что уже написано?