Дублируется пункт меню?

Вы лепите из html и php, а yii2 тут при чем?

Как задать правильную анимацию?

пишите js, добавляйте по клику класс, который запускает анимацию

PHP или framework?

Дима Соколов: могу посоветовать видео уроки по yii2 на ютубе:
Yii2 для Блондинок и Чайников: уроки, заметки, гайды

Как сверстать эти квадраты?

safbek:
для работы с svg удобно использовать inkscape.paint-net.ru
Что бы использовать svg, надо немного про него узнать, краткое и адекватное инфо есть тут:
https://www.w3schools.com/graphics/svg_intro.asp
Конкретно про адаптивность можно почитать тут: https://svg-art.ru/?p=5
Если останутся вопросы - выкладывайте код на https://jsfiddle.net что бы разговор был предметный

Стоит ли выносить папку web?

Сергей Сунцев: А это проще? И принесет какие-то плюсы? Я не вижу таковых.

Стоит ли выносить папку web?

Сергей Сунцев: Потому что при установке, композер понятия не имеет где у Вас публичная папка. Поэтому разрабы логично закинули ее именно туда.
Вас не удивляет, что windows при установке папки для загрузок и картинок размещает там где размещает, а не D://хлам/загрузки

Получит ли мой сайт вес от внешних ссылок, которые я добавил в robots.txt?

Иван Антонов:

а если я настрою canonical, то мета тег robots уже не нужен

на мой взгляд нет

Получит ли мой сайт вес от внешних ссылок, которые я добавил в robots.txt?

Иван Антонов: Лучше не трогать robot.txt в данном случае и сделать канонический урл
конкретно по noindex и disallow - разница не велика и обычно советуют использовать и то и то, так как гугл игнорирует noindex

Как реализовать этот эффект hover?

Антон Плашкевич: А В чем проблема? Это же элементарно.

Как оптимизировать запрос к базе данных?

Дмитрий: https://yandex.ru/search/?text=mysql%20pagination&...
Если коротко то надо задавать LIMIT

Как реализовать этот эффект hover?

Такой из какого? Что меняться должно?

Как сдклать первый запуск?

Artem0071: А почему вообще вкладка нужна? Cron-ом скрипт запускать не проще?

Как сдклать первый запуск?

Artem0071: Тогда вкладка никак не влияет.

Где взять дизайны (.psd) для практики верстки?

))))) Да это адский опыт.

А теперь нельзя создать агенство на бесплатном тарифе апворка?

А почему бы не задать этот вопрос тех поддержке upworka и получить гарантированно верный ответ, в течении 1-2 часов?

Как пользоваться JOIN в Yii2?

davidnum95: ДА, полез в доки, согласен

Как готовить верстку под yii2?

kleilike: да, если это advanced шаблон, то там отдельные конфиги

Почему не получается с сохранением kartik GridView?

Сергей Беловенцев: Можно так:

$model->load();
$model->validate();
print_r($model->errors);

Если я Вас правильно понял. Или у Вас именно load не работает?

Скрывать блок при скроле?

код на https://jsfiddle.net и сразу будут помощь

Туплю с прозрачностью .png?

AlRy: background-color: rgba(255, 255, 255, 0); - это фон, вы его задали и удивляетесь откуда он? Нужна прозрачность должно быть:
background-color: transparent;