$('.col-md-3') - вот это очень плохая реализация, не стоит использовать классы bootstrap для подобных манипуляций, допиши свой селектор при необходимости используй !important к нему.
Первый вариант) И это изобретение велосипеда БЭМ)
UPD посмотрел на коммент Евгений и не могу не согласится с ним, но с оговоркой. Если вы не крупный разработчик, а просто версатальщик, разделять по папкам просто ресурсы по типу. В крупных проектах используется первый вариант, ваш второй вариант не нужно разделять по блокам вообще. В js фреймворках и так все логично делится, и не нужно ничего придумывать.