Виктор Петров

До сих пор никто не научился отличать поведенческих ботов от людей. Яндекс, теоретически, способен - но на полноценный антифрод у него нет ресурсов.
Если есть решение - надо его продать тому же Яндексу. Или продавать сервис по защите самостоятельно.
Но вообще говоря, никого нагрузить не удастся. Профиль - это в среднем 2 минуты активности, из которых часть времени тратится на serp, часть - на другие хосты.
Ну и да, надо рассчитывать сразу, что зацепит и людей, и это быстро обнаружат ПС. А это уже фильтр в лучшем случае.

У вас не настроены редиректы (301) на основное зеркало?
Настройте, добавьте canonical. Всё переклеится куда нужно через какое-то время.

Ситуация рядовая, проблем не представляет.
Другое дело, что сеошникам по рукам бы надавать, чтоб редиректами лишними не увлекались. То, что надо переклеить - надо переклеить. Внутренние ссылки поправить. Единственный расклад - это внешние ссылки на перемещённые страницы, но и тут стоит проверить - а ссылки эти живы ли ещё, в индексе ли? И есть ли они вообще?

Сколько путаницы.
Чтобы деиндексировать сайт, правильнее всего всем страницам присвоить мета "robots" со значением noindex.
Мгновенного результата это не даст. Впрочем, мгновенного результата это не даст при любом способе.
В robots.txt вы прописываете запрет на сканирование - что вовсе не равнозначно запрету на индексирование. В выдаче достаточно сайтов, сниппеты с которых не выводятся: скачивать странички запрещено директивами robots.txt. А ссылки в выдаче - есть. И даже в топах. Потому что даже если там есть мета с запретом на индексирование, ПС об этом узнать не могут - поскольку сканировать/скачивать страницу им нельзя.
Помимо мета рекомендую воспользоваться инструментарием Яндекс-Вебмастер и Search Console. Там есть инструменты, позволяющие напрямую запросить удаление из индекса ненужного контента.

И имейте в виду, что все эти меры в принципе ничего не гарантируют. Это лишь пожелания, не приказы. А тот же гуглобот по деиндексированным и удаленным URL может потом ходить годами. Зачем – не знаю.

Я так понимаю, что целевая поисковая система – Гугл. И если так, то программиста надо как-то осадить.
Структура многоязычного сайта должна использовать hreflang. Вот у вас основной, дефолтный домен - на украинском. У него есть вспомогательные языковые версии - русская и английская. И вы просто метатегом указываете поисковой системе, что у странички есть альтернативные версии на других языках. Соответственно, в поиске гугл и будет показывать страницу, соответствующую языку запроса и определенной локации. Вы таким образом просто подклеиваете языковые разделы к основному домену, к главной странице – самой весомой странице сайта.
Клеить домен к папкам - это, конечно, сильная идея. Прогерам стоит вообще запретить трогать редиректы без разрешения и чёткого ТЗ, это каждый раз настоящая авария.

Там есть настройка "Принимать данные только с указанных адресов". Бывают ведь ещё и шутники, любители баловаться реф-спамом и т.п. В Метрику, если что, можно и спамить люто, вообще не заходя на сайт.

Вам, вероятно, интересен не поиск по картинкам логотипов, а ссылки с этих логотипов. Ну и оформляйте соответственно: при отключенном css видна текстовая ссылка, а с включенным - блоки с логотипами (и подписями). Как реализовать - не важно, лишь бы большим количеством картинок не тормозило загрузку.
Спрайты - неплохая идея.