Скорее всего, как сказали в комментах, нехватает оперативной памяти. Проверить можно, посмотрев в /var/log/messages (или syslog) - если процессы убиваются, то мы увидим там out of memory killer.
Что делать? - если это коммерческий сайт, я бы как минимум увеличил сервер, а еще лучше - разделил Nginx и MySQL.
Для продвинутых - включать MySQL slow query log и тьюнить - по графику видно что был CPU load spike.
Нет никаких особых настроек.
Как сказали выше, посмотрите в error.log, на место на диске. А что показывает top - mysqld что-то делает при "зависании"? Если да, возможно индексы строит.
1) MySQL и PHP очень старые и неподдерживаемые сегодня
2) смотрите в /var/log/mysql/mysql-slow.log и оптимизируйте запросы. Скорее всего, как сказали в комментах, это не "падает", а "очень медленно отвечает"
Посмотрите в логи.
server_id=1 я думаю, по умолчанию, то есть сервер то игнорирует ваш ID.
Вроде бы он не больше максимума, но попробуйте выбрать поменьше на всякий случай https://mariadb.com/docs/reference/mdb/system-vari...
Какими частями? Некоторые таблицы целиком? Или все таблицы, с частью записей? Если да, то какой частью?
Важна репликация или достаточно вчерашних данных, например?