назначения пинов при использования скетча Arduino ISP:
Pin connections:
Arduino Pin 13 (or SCK of another programmer)
Arduino Pin 12 (or MISO of another programmer)
Arduino Pin 11 (or MOSI of another programmer)
Arduino Pin 10 (or RESET of another programmer)
назначения пинов attiny2313
так что первое - соединяем правильно ардуину и тиньку. (SCK,MISO,MOSI,RESET,GND + питание)
если у вас уже есть файл прошивки - с помощью avrdude выставляете фюзы и шьете тиньку.
если нет - второй вопрос - чем вы скомпилируете вас C код для attiny2313. можно это сделать прямо с помощью Arduino IDE. Ставите в нее коры для поддержки микроконтроллеров Attiny (
https://code.google.com/p/arduino-tiny/) открываете вашу программу, выбираете контроллер из списка в Arduino IDE, "прошиваете бутлоадер" (на самом деле просто выставляются фузы) и компилите и шъете вашу программу. Детальнее с картинками тут
highlowtech.org/?p=1695